Sesuai Peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 158 Tahun 2014 Tentang Penyelenggaraan Sistem Kredit Semester (SKS) Pada Pendidikan Dasar Dan Pendidikan Menengah. Sejak tahun pelajaran 2018-2019 SMA Negeri 5 Surabaya menerapkan SKS dalam rangka untuk melayani bakat, minat, dan kemampuan/kecepatan belajar peserta didik yang berbeda-beda.
Sistem Kredit Semester (SKS) diselenggarakan dengan prinsip:
a. fleksibel;
b. keunggulan;
c. maju berkelanjutan; dan
d. keadilan.
(a) Prinsip fleksibel, merupakan penyelenggaraan SKS dengan fleksibilitas pilihan mata pelajaran dan waktu penyelesaian masa belajar yang memungkinkan peserta didik menentukan dan mengatur strategi belajar secara mandiri.
(b) Prinsip keunggulan, merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik memperoleh kesempatan belajar dan mencapai tingkat kemampuan optimal sesuai dengan bakat, minat, dan kemampuan/kecepatan belajar.
(c) Prinsip maju berkelanjutan, merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik dapat langsung mengikuti muatan, mata pelajaran atau program lebih lanjut tanpa terkendala oleh peserta didik lain.
(d) Prinsip keadilan, merupakan penyelenggaraan SKS yang memungkinkan peserta didik mendapatkan kesempatan untuk memperoleh perlakuan sesuai dengan kapasitas belajar yang dimiliki dan prestasi belajar yang dicapainya secara perseorangan.
Dalam belajar kesehariannya peserta didik di SMA Negeri 5 Surabaya dipandu dengan Unit Kegiatan Belajar Mandiri (UKBM) yang memuat petunjuk belajar dan aktivitas-aktivitas yang dikerjakan dalam kelompok-kelompok kecil melalui bimbingan guru. Untuk memfasilitasi dan mempermudah pelayanan terutama dalam mengakses UKBM, peserta didik dapat mengkases eSKS SMA Negeri 5 Surabaya. Dan hingga saat ini eSKS terus dikembangkan oleh SMA Negeri 5 Surabaya dalam rangka pelayanan yang maksimal terhadap peserta didik.
Bagi peserta didik yang memiliki kecepatan belajar lebih dan mememperoleh nilai di seluruh mata pelajaran minimal 87 (baik) maka berhak untuk selesai lebih cepat dalam belajar di satuan pendidikan ini (2 tahun), bagi peserta didik yang kecepatan belajarnya standar maka dia akan selesai secara normal (3 tahun), sedangkan bagi peserta didik yang belajarnya kurang cepat maka di dapat menyelesaikan maksimal 4 tahun.